Податковим кодексом України від 2 грудня 2010 року №2755-VI (далі – Кодекс) встановлено деякі нововведення в порядку нарахування та погашення пені. Ці питання врегульовані статтями 129 - 131 Кодексу та Інструкцією про порядок нарахування та погашення пені за платежами, які контролюються органами державної податкової служби, затвердженої Наказом ДПС України від 17 грудня 2010 року № 953.
Якщо до введення в дію Податкового кодексу України пеня нараховувалась лише при несвоєчасній сплаті податкового зобов’язання, то з 1 січня 2011 року, відколи почав свою роботу Податковий кодекс, порядок нарахування та погашення пені зазнав суттєвих змін, зокрема: нарахування пені здійснюється в тому числі і при виявленні суми заниження податкового зобов’язання як самим платником податків так і за перевіркою контролюючого органу (також і за період адміністративного та судового оскарження). При цьому нарахування пені відбувається в автоматичному режимі та в актах перевірки її суми не зазначаються.
Тобто, якщо у повідомленні-рішенні, яке надав платнику податку контролюючий орган за результатами перевірки, не буде нараховано пеню до сплати, це не означає, що сплачувати її не потрібно. В такому випадку платник податку повинен самостійно розрахувати її розмір та сплатити на бюджетні рахунки.